In the phylogenetic analysis provided here, the authors set all characters as non-additive (unordered). Yet, the first 853 characters are based on Brusatte et al. (2014), where a significant subset of multistate characters is explicitly defined as ordered. Thus, it is unclear if the different topology obtained in this new manuscript compared to previous versions of the TWiG analyses is due to new information added (and edited scores) or is (at least partially) biased by this different setting of the ordered characters vs unordered.
I encourage the authors to re-run the analysis setting the ordered characters as in Brusatte et al. (2014), and to check whether some topological differences are due to the setting of all characters as unordered. In particular, I suspect that the position of Mahakala as sister taxon of Unenlagiinae may be due to the non-additive character setting.
See below, the string of instructions for the ordered characters in TNT, based on the original matrix in Brusatte et al. (2014). In this string, I also included a subset of instructions relative to the new characters added by the authors and that are clearly defined as ordered (characters 854, 874, 878, 884).
Andrea Cau
ccode
/1-[0 /1-[1 /1+[2 /1-[3 /1-[4 /1-[5
/1-[6 /1-[7 /1-[8 /1-[9 /1-[10 /1-[11
/1-[12 /1-[13 /1-[14 /1+[15 /1+[16 /1+[17
/1+[18 /1-[19 /1-[20 /1-[21 /1-[22 /1+[23
/1+[24 /1-[25 /1+[26 /1-[27 /1-[28 /1-[29
/1-[30 /1-[31 /1-[32 /1-[33 /1-[34 /1-[35
/1-[36 /1+[37 /1+[38 /1+[39 /1-[40 /1-[41
/1-[42 /1-[43 /1+[44 /1-[45 /1-[46 /1-[47
/1-[48 /1-[49 /1-[50 /1-[51 /1-[52 /1-[53
/1-[54 /1-[55 /1-[56 /1-[57 /1-[58 /1-[59
/1-[60 /1-[61 /1+[62 /1-[63 /1-[64 /1+[65
/1-[66 /1-[67 /1-[68 /1-[69 /1-[70 /1+[71
/1-[72 /1+[73 /1-[74 /1-[75 /1-[76 /1-[77
/1-[78 /1-[79 /1-[80 /1-[81 /1-[82 /1-[83
/1-[84 /1-[85 /1-[86 /1-[87 /1+[88 /1-[89
/1-[90 /1-[91 /1-[92 /1-[93 /1-[94 /1-[95
/1-[96 /1-[97 /1-[98 /1-[99 /1-[100 /1-[101
/1+[102 /1-[103 /1-[104 /1-[105 /1-[106 /1+[107
/1-[108 /1-[109 /1+[110 /1-[111 /1-[112 /1+[113
/1-[114 /1-[115 /1+[116 /1-[117 /1+[118 /1-[119
/1+[120 /1-[121 /1+[122 /1-[123 /1-[124 /1-[125
/1-[126 /1-[127 /1-[128 /1+[129 /1-[130 /1-[131
/1-[132 /1-[133 /1-[134 /1-[135 /1-[136 /1-[137
/1-[138 /1-[139 /1-[140 /1-[141 /1-[142 /1-[143
/1-[144 /1+[145 /1-[146 /1+[147 /1-[148 /1-[149
/1-[150 /1+[151 /1-[152 /1+[153 /1-[154 /1-[155
/1-[156 /1-[157 /1-[158 /1-[159 /1+[160 /1-[161
/1+[162 /1-[163 /1-[164 /1+[165 /1-[166 /1+[167
/1+[168 /1-[169 /1+[170 /1-[171 /1-[172 /1-[173
/1+[174 /1-[175 /1-[176 /1+[177 /1+[178 /1-[179
/1+[180 /1-[181 /1-[182 /1-[183 /1-[184 /1-[185
/1-[186 /1-[187 /1-[188 /1-[189 /1-[190 /1-[191
/1-[192 /1-[193 /1+[194 /1-[195 /1+[196 /1-[197
/1-[198 /1+[199 /1-[200 /1-[201 /1-[202 /1-[203
/1-[204 /1-[205 /1-[206 /1-[207 /1-[208 /1-[209
/1-[210 /1-[211 /1-[212 /1-[213 /1-[214 /1-[215
/1+[216 /1-[217 /1-[218 /1-[219 /1-[220 /1+[221
/1-[222 /1-[223 /1-[224 /1-[225 /1-[226 /1-[227
/1-[228 /1-[229 /1-[230 /1+[231 /1-[232 /1+[233
/1+[234 /1-[235 /1-[236 /1+[237 /1-[238 /1-[239
/1-[240 /1+[241 /1-[242 /1-[243 /1-[244 /1-[245
/1-[246 /1-[247 /1-[248 /1+[249 /1-[250 /1+[251
/1-[252 /1-[253 /1+[254 /1+[255 /1-[256 /1-[257
/1-[258 /1-[259 /1+[260 /1+[261 /1-[262 /1-[263
/1+[264 /1-[265 /1-[266 /1+[267 /1-[268 /1+[269
/1-[270 /1-[271 /1-[272 /1-[273 /1-[274 /1-[275
/1-[276 /1-[277 /1+[278 /1-[279 /1-[280 /1-[281
/1-[282 /1-[283 /1-[284 /1-[285 /1+[286 /1-[287
/1-[288 /1-[289 /1-[290 /1+[291 /1-[292 /1-[293
/1-[294 /1-[295 /1-[296 /1-[297 /1+[298 /1-[299
/1-[300 /1-[301 /1-[302 /1-[303 /1-[304 /1-[305
/1-[306 /1-[307 /1+[308 /1-[309 /1-[310 /1-[311
/1-[312 /1-[313 /1-[314 /1+[315 /1-[316 /1-[317
/1+[318 /1-[319 /1+[320 /1-[321 /1-[322 /1-[323
/1-[324 /1+[325 /1-[326 /1+[327 /1-[328 /1-[329
/1-[330 /1-[331 /1-[332 /1-[333 /1-[334 /1-[335
/1-[336 /1-[337 /1-[338 /1-[339 /1-[340 /1-[341
/1-[342 /1-[343 /1-[344 /1-[345 /1+[346 /1-[347
/1-[348 /1-[349 /1+[350 /1-[351 /1-[352 /1-[353
/1-[354 /1-[355 /1-[356 /1-[357 /1+[358 /1-[359
/1-[360 /1-[361 /1-[362 /1+[363 /1-[364 /1-[365
/1-[366 /1-[367 /1-[368 /1-[369 /1-[370 /1-[371
/1-[372 /1-[373 /1-[374 /1-[375 /1-[376 /1-[377
/1+[378 /1-[379 /1-[380 /1-[381 /1-[382 /1+[383
/1+[384 /1-[385 /1+[386 /1-[387 /1-[388 /1-[389
/1-[390 /1-[391 /1+[392 /1-[393 /1-[394 /1-[395
/1+[396 /1-[397 /1-[398 /1-[399 /1+[400 /1-[401
/1-[402 /1-[403 /1-[404 /1-[405 /1-[406 /1-[407
/1+[408 /1-[409 /1-[410 /1-[411 /1+[412 /1-[413
/1+[414 /1-[415 /1+[416 /1-[417 /1-[418 /1+[419
/1-[420 /1-[421 /1-[422 /1-[423
/1+[424 /1+[425 /1+[426 /1+[427 /1-[428 /1-[429
/1-[430 /1-[431 /1+[432 /1+[433 /1-[434 /1-[435
/1-[436 /1-[437 /1-[438 /1-[439 /1-[440 /1-[441
/1+[442 /1-[443 /1+[444 /1+[445 /1-[446 /1-[447
/1-[448 /1-[449 /1-[450 /1-[451 /1-[452 /1-[453
/1-[454 /1-[455 /1-[456 /1-[457 /1+[458 /1-[459
/1-[460 /1+[461 /1-[462 /1-[463 /1-[464 /1-[465
/1-[466 /1-[467 /1-[468 /1-[469 /1-[470 /1-[471
/1-[472 /1-[473 /1+[474 /1-[475 /1-[476 /1-[477
/1-[478 /1-[479 /1-[480 /1+[481 /1-[482 /1-[483
/1+[484 /1-[485 /1-[486 /1+[487 /1-[488 /1-[489
/1-[490 /1-[491 /1-[492 /1+[493 /1-[494 /1-[495
/1-[496 /1-[497 /1+[498 /1-[499 /1-[500 /1-[501
/1-[502 /1-[503 /1-[504 /1-[505 /1-[506 /1-[507
/1-[508 /1-[509 /1-[510 /1-[511 /1-[512 /1-[513
/1-[514 /1-[515 /1-[516 /1-[517 /1-[518 /1+[519
/1-[520 /1-[521 /1-[522 /1-[523
/1-[524 /1-[525 /1-[526 /1-[527 /1-[528 /1-[529
/1-[530 /1-[531 /1-[532 /1-[533 /1-[534 /1-[535
/1-[536 /1-[537 /1-[538 /1+[539 /1-[540 /1-[541
/1-[542 /1-[543 /1+[544 /1-[545 /1-[546 /1-[547
/1-[548 /1-[549 /1-[550 /1-[551 /1-[552 /1-[553
/1-[554 /1+[555 /1+[556 /1-[557 /1-[558 /1+[559
/1-[560 /1-[561 /1-[562 /1-[563 /1-[564 /1-[565
/1-[566 /1-[567 /1-[568 /1-[569 /1-[570 /1-[571
/1-[572 /1-[573 /1-[574 /1-[575 /1-[576 /1+[577
/1+[578 /1-[579 /1-[580 /1-[581 /1-[582 /1-[583
/1-[584 /1-[585 /1-[586 /1-[587 /1-[588 /1-[589
/1-[590 /1-[591 /1-[592 /1-[593 /1-[594 /1-[595
/1-[596 /1-[597 /1-[598 /1-[599 /1-[600 /1-[601
/1-[602 /1-[603 /1+[604 /1-[605 /1-[606 /1-[607
/1-[608 /1-[609 /1-[610 /1-[611 /1+[612 /1-[613
/1-[614 /1-[615 /1-[616 /1-[617 /1-[618 /1-[619
/1-[620 /1+[621 /1-[622 /1-[623
/1-[624 /1-[625 /1-[626 /1+[627 /1-[628 /1-[629
/1+[630 /1+[631 /1-[632 /1+[633 /1+[634 /1-[635
/1-[636 /1-[637 /1-[638 /1-[639 /1-[640 /1+[641
/1-[642 /1-[643 /1-[644 /1-[645 /1-[646 /1+[647
/1-[648 /1-[649 /1+[650 /1-[651 /1-[652 /1-[653
/1-[654 /1-[655 /1-[656 /1-[657 /1-[658 /1-[659
/1-[660 /1-[661 /1-[662 /1-[663 /1+[664 /1-[665
/1-[666 /1-[667 /1+[668 /1+[669 /1-[670 /1-[671
/1-[672 /1-[673 /1-[674 /1-[675 /1-[676 /1-[677
/1-[678 /1-[679 /1-[680 /1-[681 /1-[682 /1+[683
/1-[684 /1-[685 /1-[686 /1-[687 /1-[688 /1-[689
/1-[690 /1-[691 /1-[692 /1+[693 /1-[694 /1-[695
/1-[696 /1+[697 /1-[698 /1-[699 /1-[700 /1+[701
/1-[702 /1-[703 /1-[704 /1-[705 /1-[706 /1-[707
/1-[708 /1-[709 /1+[710 /1+[711 /1-[712 /1-[713
/1+[714 /1-[715 /1-[716 /1-[717 /1-[718 /1-[719
/1-[720 /1-[721 /1-[722 /1-[723
/1-[724 /1-[725 /1+[726 /1+[727 /1-[728 /1-[729
/1-[730 /1-[731 /1-[732 /1-[733 /1-[734 /1-[735
/1-[736 /1-[737 /1-[738 /1-[739 /1-[740 /1-[741
/1-[742 /1-[743 /1-[744 /1-[745 /1-[746 /1-[747
/1-[748 /1-[749 /1-[750 /1-[751 /1-[752 /1-[753
/1-[754 /1-[755 /1-[756 /1-[757 /1-[758 /1-[759
/1-[760 /1-[761 /1+[762 /1-[763 /1-[764 /1-[765
/1-[766 /1-[767 /1-[768 /1-[769 /1-[770 /1-[771
/1-[772 /1-[773 /1-[774 /1-[775 /1-[776 /1-[777
/1-[778 /1+[779 /1-[780 /1-[781 /1-[782 /1-[783
/1-[784 /1-[785 /1-[786 /1-[787 /1-[788 /1-[789
/1-[790 /1-[791 /1-[792 /1-[793 /1-[794 /1-[795
/1-[796 /1-[797 /1-[798 /1-[799 /1-[800 /1-[801
/1-[802 /1-[803 /1+[804 /1+[805 /1+[806 /1-[807
/1-[808 /1-[809 /1-[810 /1-[811 /1-[812 /1-[813
/1-[814 /1-[815 /1-[816 /1+[817 /1-[818 /1-[819
/1-[820 /1-[821 /1+[822 /1-[823
/1-[824 /1-[825 /1-[826 /1-[827 /1-[828 /1-[829
/1-[830 /1-[831 /1-[832 /1-[833 /1-[834 /1-[835
/1-[836 /1-[837 /1-[838 /1-[839 /1-[840 /1+[841
/1+[842 /1-[843 /1-[844 /1-[845 /1-[846 /1-[847
/1-[848 /1-[849 /1-[850 /1-[851 /1-[852 /1+[853
/1+[873 /1-[877 /1-[883;
;